В основе проекта Яндекс.Деньги лежит платежная система PayCash, высоко оцененная ведущими мировыми специалистами в области финансовой криптографии и поддержанная крупными российскими проектами электронной коммерции.
     PayCash представляет собой систему, реализующую идею "электронных денег". Электронные деньги во многом сходны с настоящими. Как и реальными деньгами, электронными можно расплачиваться в интернете за предоставляемые товары или услуги. Так же как и обыкновенные наличные, электронные не несут никакой информации об их владельце - платежи в системе PayCash приватны. Но вместе с тем, случайный или предумышленный обман одного из участников сделки принципиально невозможен, т.к. любая операция купли-продажи обязательно сопровождается электронными цифровыми подписями обеих сторон.
     Чтобы стать участником системы Яндекс.Деньги, вам совсем необязательно иметь счет в банке или кредитную карточку. Достаточно бесплатно скачать и установить на свой компьютер специальную программу - Интернет.Кошелек. При этом в платежной системе автоматически будет открыт счет, связанный с данным Кошельком. На этот счет вы зачисляете любым удобным для вас способом свои деньги, как и в обычный банк. После этого вы можете проводить расчеты, можете сами получать деньги в свой кошелек от кого-либо. Электронные деньги с виртуального счета вы при желании всегда сможете обменять на реальные деньги.
Схема работы системы Яндекс.Деньги:
 

     1. Вы устанавливаете на своем компьютере программу Интернет.Кошелек и кладете деньги на свой счет в Процессинговом Центре системы Яндекс.Деньги. Таким образом у вас в Интернет.Кошельке оказывается электронная наличность.

     2. Выбираете товар или услугу в электронном магазине и отсылаете заказ - нажимаете кнопку "купить". Ваш Кошелек в этот момент должен быть запущен. Кошелек продавца (магазина) выставляет вашему Кошельку требование об оплате, содержащее текст контракта (договора купли-продажи). Контракт подписан электронной цифровой подписью продавца.

     3. Ваш Кошелек предъявляет вам текст договора. Если вы согласны, и у вас достаточно денег на счету, то ваш Кошелек отсылает Кошельку продавца электронные деньги и подписанный вашей электронной подписью договор.

     4. Кошелек продавца предъявляет полученные от вас электронные деньги в Процессинговый Центр для подтверждения их достоверности. 

     5. В случае положительного результата проверки Процессинговый Центр системы Яндекс.Деньги зачисляет соответствующую сумму денег на счет продавца. Сообщение об этом передается Кошельку продавца вместе с "квитанцией" для вас. 

     6. Получив ответ из банка, Кошелек продавца передает сообщение об успешном зачислении денег на его счет, и посылает "квитанцию" вашему Интернет.Кошельку.
Обратите внимание, что при совершении покупки при помощи системы Яндекс.Деньги вместе с электронными деньгами передается и договор купли-продажи между участниками сделки. Во время расчетов этот договор автоматически подписывается электронными цифровыми подписями владельцев кошельков, передающих и принимающих деньги согласно этому договору.
     Таким образом, у вас, покупателя, остается электронный документ, подтверждающий товарные обязательства продавца, с его электронной подписью.